Der Grüner Veltliner ist eine urösterreichische Rebsorte und kann im Weinviertel bis ins 18. Jahrhundert nachgewiesen werden. Seine Heimat ist nicht genau zu erforschen.
Geschichtlich stößt man zwar immer wieder auf Veltlinertypen, wie Roter, Frühroter, Rotweißer oder Brauner Veltliner, denen man teilweise bis in die Römerzeit nachspüren kann. Botanisch aber ist der Grüne Veltliner mit den vorhin aufgezählten Veltlinerarten überhaupt nicht verwandt.
Ungefähr bis in die 1930er Jahre wurde er fälschlich als „Grüner Muskateller“ benannt. Falsch deshalb, weil der grüne Veltliner kein Muskatbukett hat. Nur bei stark reduktiven Ausbau entwickelt er in manchen Jahren einen leichten muskierten Ton, der allerdings auch bei anderen Sorten auftreten kann. Der Grüne Veltliner hat sich Anfang des 20Jh. Auf Kosten des „Groben“ in ganz Niederösterreich verbreitet. Der „Grobe“ war damals eine weiße Traubensorte, die auch in Stetten unter der Bezeichnung „Seestock“ oder „Seeweinbeere“ die wichtigste Sorte war und vermutlich bereits mit den Hunnen unter der Bezeichnung „Heunisch“ nach Niederösterreich gelangte. Mit der Einführung der Hochkultur – Erfinder Lenz Moser Rohrendorf – und gezielter Selektion der Reben begann der Siegeszug des Grünen Veltliners.
Heute ist ein Drittel der österreichischen Rebfläche mit dieser Sorte bepflanzt.